АКТ I
Год 1 правления Эхнатона. Фивы.
Похороны Аменхотепа III
Опера начинается со смерти Аменхотепа III. Мы видим одновременно его тело и его призрачный дух, зачитывающий слова из Древнеегипетской Книги Мёртвых. На похоронной церемонии мы наблюдаем за ритуалом, во время которого внутренние органы умершего извлекают и помещают в кувшины-«канопы», а тело оборачивают и бальзамируют. Церемония достигает момента, представляющего описанный в Книге Мёртвых ритуал, когда сердце фараона взвешивают на весах против пера: если сердце так же легко, как перо, Аменхотепу гарантирован путь в загробную жизнь.
Коронация Эхнатона
Сын Аменхотепа выступает вперед, начиная церемонию коронации. Новый фараон одет в священные одежды; короны, символизирующие Верхний и Нижний Египет, соединяют вместе, чтобы продемонстрировать власть Аменхотепа IV над всем Египтом. После коронации фараон восходит на ступени, чтобы выступить с обращением.
Окно Явлений
У Окна Явлений фараон объявляет о намерении создать монотеистическую религию. Он меняет своё имя с Аменхотепа, «духа Амона», на Эхнатона, «духа Атона». Эхнатон, его жена Нефертити и мать Царица Тия прославляют Атона, бога солнца. Когда трио произносит свои слова у окна, позади них встаёт солнце.
АКТ II
Годы с 5 по 15. Фивы и Ахетатон.
Храм
Эхнатон и Царица Тия начинают претворять в жизнь обещанные им перемены. Эхнатон ведёт борьбу за изгнание старой религии и замену её своей. Он входит в храм и находит там жрецов, выполняющих прежние ритуалы. Эхнатон изгоняет их и формирует новый порядок Атона.
Эхнатон и Нефертити
Эхнатон и Нефертити провозглашают свою любовь друг к другу.
Город
Место для нового города тщательно выбрано. Город Ахетатон - «Город Горизонта Атона» - строится во славу новой религии.
Гимн
Эхнатон молится своему богу. Его видение новой религии и нового общества сформировано.
АКТ III
Год 17 и наши дни. Ахетатон.
Семья
Эхнатон и Нефертити живут в замкнутом мире, который создали, со своими шестью дочерьми. Между тем Царица Тия неспокойна. Она чувствует волнение за стенами города. У ворот собираются толпы, приходят письма, выражающие растущую обеспокоенность по поводу самоизоляции Эхнатона.
Атака и Падение
Жрецы Амона выходят из толпы и прорываются через двери дворца. Дочери пытаются сбежать и оказываются отрезаны от Эхнатона, теряясь в растущей массе людей. Царица Тия и Нефертити также отрываются от Эхнатона, которого в конце концов убивают.
Руины
Отец Эхнатона оплакивает смерть своего сына. Тем временем новый фараон, молодой Тутанхамон, проходит обряд коронации на церемонии, подобной церемонии его отца. Старая политеистическая религия восстановлена.
На фоне церемонии группа современных студентов слушает лекцию профессора.
Эпилог
Призраки Эхнатона, Нефертити и Царицы Тии снова слышны из древнего мира.