Мировая премьера состоялась в Париже, в театре Лирик, 4 ноября 1863 года (только c 3-го по 5-й акт, как «Троянцы в Карфагене») и в Карлсруэ, в Придворном театре, 6 декабря 1890 (полностью)
Акт первый
После десяти лет осады греки покидают Трою, оставив огромного деревянного коня в жертву богине Афине Палладе. Только пророчица Кассандра, дочь троянского царя Приама, задумывается об истинном смысле отхода врагов. В видении ей явился дух её брата Гектора, прогуливающийся вдоль укреплений. Она пыталась предупредить отца о грядущем бедствии и теперь убеждает своего жениха Хореба покинуть город, но никто не слушает её. Хореб просит её присоединиться к празднеству, но она говорит ему, что предвидит смерть их обоих – жениха и свою.
Троянцы приносят благодарственные жертвы богам. Вдова Гектора Андромаха отдаёт царю Приаму и царице Гекубе своего маленького сына, наследника трона. Входит воин Эней и сообщает, что жрец Лаокоон погиб. Подозревая, что деревянный конь таит в себе обман, Лаокоон метнул в него копьё и призывал толпу сжечь его, и тогда две огромные змеи выползли из моря и задушили его и его сыновей. Приам и Эней распоряжаются доставить коня в город для умилостивления Афины. Кассандра предрекает, что это станет концом Трои.
Акт второй
Энея посещает дух Гектора, который велит ему покинуть город. Призрак говорит, что его судьба в том, чтобы основать великую империю, которая однажды станет диктовать всему миру свою волю. Когда дух исчезает, друг Энея Пантея вбегает с вестью, что из коня появились греческие воины и теперь они разрушают город. Эней спешит возглавить оборону.
Троянские женщины молят богов защитить их от захватчиков. Кассандра пророчествует, что Эней и некоторые другие троянцы спасутся и уплывут в Италию, чтобы основать там город – новую Трою. Хореб погибает, и Кассандра готовится к собственной смерти. Она спрашивает женщин: неужели они хотят терпеть насилие и затем погибнуть от рук врагов? Когда врываются греческие воины, они находят лишь умирающих – все женщины покончили с собой. Эней и его воины бегут, забрав с собой сокровища Трои.
Акт третий
Народ Карфагена приветствует свою царицу Дидону. Семь лет прошло с тех пор, как она с верными людьми покинула родной Тир, скрываясь от убийц мужа, и основала цветущее новое царство. Сестра Дидоны Анна считает, что Карфагену нужен царь, и уверяет царицу, что та полюбит вновь. Докладывают о появлении чужеземцев, которые едва спаслись после кораблекрушения в страшную бурю – это остатки троянского войска под предводительством Энея. Дидона радушно принимает их. Когда приходит весть, что нумидийский правитель Ярбас собирается напасть на Карфаген, Эней выражает желание присоединиться к карфагенянам в битве. Дидона соглашается, и троянец становится во главе объединённого войска, оставив своего сына Аскания на попечении царицы.
Акт четвёртый
Эней с победой возвращается в Карфаген. Во время царской охоты разражается буря, от которой карфагенянка и троянец ищут укрытия в пещере. Там они признаются друг другу в любви.
Проходит несколько месяцев. Нарбал, советник царицы, обеспокоен тем, что с тех пор, как Дидона полюбила Энея, она пренебрегает своими обязанностями. Он боится, что, приветствуя троянских чужаков, Карфаген способствует собственной гибели. Входит Дидона вместе с Энеем и всем двором, чтобы насладиться представлением с пением и танцами. Она просит Энея рассказать ей подробности о последних днях Трои. Когда он говорит об Андромахе, вдове Гектора, которая стала женой Пирра, одного из врагов-греков, Дидона видит в этом сходство с положением, в котором оказались она и Эней. Оставшись в одиночестве, они вновь клянутся друг другу в любви, но бог Меркурий напоминает Энею об его долге и судьбе – Италии.
Акт пятый
Ночь в троянском лагере на морском берегу молодой моряк поёт балладу о тоске по родине. Пантея и троянские капитаны встревожены знаками и видениями, говорящими о том, что нужно отправляться в путь. Входит Эней; он разрывается между любовью к Дидоне и обязанностью оставить Карфаген. Он принимает решение встретиться с царицей в последний раз. Но когда духи Приама, Гектора, Хореба и Кассандры являются ему, побуждая отплывать, он приказывает своим людям до рассвета выйти в море. Входит Дидона. Эней клянётся, что любит её, но должен её покинуть. Она в ответ проклинает его. На заре царица просит свою сестру убедить Энея остаться, но троянские корабли уже вышли в море. В гневе Дидона приказывает развести погребальный костёр, чтобы сжечь на нём все подарки и памятные вещи своего возлюбленного. Теперь, решившись окончить свою жизнь, она прощается с Карфагеном и со всеми, кто был ей дорог.
Разведён погребальный костёр. Жрецы молятся за Дидону, она же предрекает, что её судьба не будет забыта: карфагенский полководец Ганнибал однажды отомстит за неё Италии. Затем она закалывается мечом Энея. Умирая, она видит Карфаген, разрушенный вечным Римом. Вдали встаёт образ Капитолия, и карфагеняне проклинают Энея и его потомство.